Alors que l’horizon 2026 se profile, la transition numérique s’accélère pour les officines. La facturation électronique représente bien plus qu’une simple évolution technique : c’est une transformation profonde de vos processus quotidiens. Cette réforme importante vous concerne directement en tant que pharmacien. Êtes-vous préparé à ce changement majeur qui modifiera vos interactions avec vos fournisseurs, vos clients et l’administration fiscale ?
Découvrez les enjeux, les implications concrètes et les opportunités que cette évolution apporte pour votre officine.
La facturation électronique en pharmacie : les fondamentaux à maîtriser
La facturation électronique va bien au-delà d’un simple changement de support. Il ne s’agit pas simplement de passer du papier au numérique, mais d’adopter un système complet d’échange structuré d’informations.
Qu’est-ce que la facturation électronique pour les pharmacies ?
La réforme de la facturation électronique, initiée après son déploiement réussi dans le secteur public en 2017, s’étend désormais à l’ensemble des acteurs économiques français. Pour les pharmacies, cette obligation se traduit par deux volets complémentaires :
- L’e-invoicing : l’émission et la réception de factures sous format électronique normé entre professionnels assujettis à la TVA
- L’e-reporting : la transmission (déclaration) des données de transaction à l’administration fiscale
Ces deux dispositifs répondent à quatre objectifs principaux :
- Lutter efficacement contre la fraude à la TVA
- Simplifier les déclarations fiscales
- Réduire les coûts et délais de paiement
- Améliorer la connaissance en temps réel de l’activité économique
Pourquoi les pharmacies sont-elles concernées ?
En tant que pharmacien, vous êtes directement concerné par cette réforme car vous êtes assujetti à la TVA établi en France. Que vous soyez une officine individuelle, une société, ou même si vous bénéficiez d’une franchise en base, vous devrez vous conformer à ces nouvelles obligations.
Cette réforme touche l’ensemble de vos relations :
- Avec vos fournisseurs professionnels (laboratoires, grossistes…)
- Avec vos clients professionnels (EHPAD, cliniques…)
- Avec l’administration fiscale pour vos ventes aux particuliers
💡À noterLes actes médicaux relevant de l’article 261.4 du CGI restent exonérés et ne sont pas concernés par ces obligations.
Les impacts concrets sur le quotidien de votre officine
L’arrivée de la facturation électronique va modifier plusieurs aspects de votre gestion quotidienne. Pour bien vous y préparer, il est essentiel de comprendre les différentes situations que vous rencontrerez.
Trois cas de figure selon vos interlocuteurs
Votre pharmacie interagit avec différents types de clients, ce qui engendre des obligations distinctes :
1. Avec les clients professionnels établis en France (EHPAD, cliniques…)
- Vous devrez émettre des factures normées au format Factur-X, UBL ou CII
- Ces factures devront être transmises via une Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP)
- Les données de ces factures seront automatiquement transmises à l’administration fiscale
2. Avec les particuliers (vos patients)
- Vous n’avez pas d’obligation quant au format des tickets ou factures remis
- Vous devrez néanmoins déclarer régulièrement vos recettes quotidiennes à l’administration fiscale via votre PDP
- Ces transmissions pourront être automatiques selon le logiciel utilisé
3. Pour les opérations exonérées (actes médicaux)
- Aucune obligation en termes de facturation et de déclaration spécifique
Une révolution dans la gestion documentaire de votre officine
Cette réforme implique des changements significatifs dans vos processus internes :
- Abandon progressif du papier : les factures fournisseurs arriveront directement sur votre plateforme numérique
- Automatisation accrue : vos systèmes d’encaissement devront être adaptés pour générer des fichiers conformes
- Centralisation des informations : toutes vos factures seront accessibles depuis un espace unique
- Traçabilité renforcée : chaque étape du cycle de vie d’une facture sera enregistrée et suivie
Pour répondre à ces nouvelles exigences, des solutions spécifiques comme Digipharmacie ont été développées. Cette plateforme dédiée aux pharmacies permet de collecter et centraliser automatiquement l’ensemble des factures fournisseurs dans un espace unique, simplifiant considérablement votre gestion documentaire.
Le calendrier : les dates clés à ne pas manquer
La mise en œuvre de la facturation électronique suivra un calendrier précis que vous devez connaître pour anticiper sereinement cette transition.
Deux échéances majeures à retenir
1er septembre 2026 :
- Obligation de réception : toutes les pharmacies devront être en mesure de recevoir des factures électroniques via une plateforme PDP
- Les grandes entreprises et ETI commenceront à émettre leurs factures au format électronique
- Vos principaux fournisseurs (laboratoires, grands groupes) vous enverront donc leurs factures via ce nouveau canal
1er septembre 2027 :
- Obligation d’émission pour toutes les entreprises, y compris les pharmacies
- Obligation de transmission des données de facturation et de transaction à l’administration fiscale
- Généralisation complète du système
La période transitoire : une opportunité d’adaptation progressive
Entre ces deux dates, vous bénéficierez d’une période d’adaptation d’un an. Cette phase transitoire vous permettra :
- De vous familiariser avec la réception des factures électroniques
- D’ajuster vos processus internes
- De tester et paramétrer vos outils avant l’obligation d’émission
Jusqu’au 31 décembre 2027, une tolérance est prévue pour la transmission des factures au format PDF simple, avec un jeu de données obligatoires réduit. Cette flexibilité temporaire facilitera la transition.
Se préparer concrètement : les 4 étapes essentielles
Pour aborder sereinement cette transition, nous vous recommandons de structurer votre démarche en quatre phases clés.
1. Réaliser un diagnostic de votre situation actuelle
Avant toute chose, prenez le temps d’analyser vos pratiques et vos outils :
- Cartographiez vos flux de facturation (qui sont vos fournisseurs et clients professionnels ?)
- Évaluez vos systèmes actuels (logiciel de gestion d’officine, système d’encaissement…)
- Identifiez les écarts avec les nouvelles exigences
Ce diagnostic vous permettra d’identifier les adaptations nécessaires et de dimensionner correctement votre projet.
2. Choisir votre Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP)
Le choix de votre PDP est une décision stratégique qui mérite une réflexion approfondie :
- Vérifiez la compatibilité avec votre logiciel métier
- Assurez-vous qu’elle prend en charge les spécificités du secteur pharmaceutique
- Comparez les fonctionnalités supplémentaires proposées (archivage, workflow de validation…)
- Évaluez les coûts associés (abonnement, volume de factures…)
N’hésitez pas à vous appuyer sur notre expertise pour faire ce choix éclairé.
3. Adapter votre système d’encaissement
Votre système d’encaissement jouera un rôle central dans la mise en œuvre de la facturation électronique :
- Vérifiez avec votre fournisseur qu’il sera mis en conformité avec la réforme
- Assurez-vous qu’il pourra générer automatiquement des fichiers au format Factur-X
- Vérifiez sa capacité à transmettre automatiquement les données de transaction quotidiennes
L’automatisation de ces processus est essentielle pour éviter une charge administrative supplémentaire.
4. Former votre équipe et ajuster vos processus
La réussite de cette transition repose également sur l’adaptation de votre organisation humaine :
- Sensibilisez votre équipe aux changements à venir
- Formez les collaborateurs concernés aux nouveaux outils
- Redéfinissez les processus internes de validation et de suivi des factures
Cette étape humaine est souvent sous-estimée alors qu’elle conditionne largement le succès du projet.
Les bénéfices concrets pour votre pharmacie
Au-delà des contraintes réglementaires, la facturation électronique représente une réelle opportunité d’optimisation pour votre officine.
Des gains d’efficacité significatifs
L’adoption de la facturation électronique vous permettra de :
- Réduire vos coûts de traitement : le coût moyen d’une facture papier est estimé à 10€ à l’émission et 15€ à la réception, contre seulement 1,5€ en électronique
- Gagner un temps précieux grâce à l’automatisation des tâches administratives
- Diminuer les erreurs et les litiges grâce à la standardisation des formats
- Centraliser vos documents en un seul endroit, facilitant leur recherche et leur consultation
Une meilleure gestion de votre trésorerie
La digitalisation des flux de facturation contribuera également à :
- Accélérer vos encaissements grâce à des délais de traitement réduits
- Suivre en temps réel le statut de vos factures (déposées, rejetées, approuvées, payées…)
- Améliorer la visibilité sur vos échéances de paiement
- Optimiser votre BFR (Besoin en Fonds de Roulement)
Une démarche environnementale responsable
Ne négligeons pas l’impact écologique positif de cette transformation :
- Économie de papier significative
- Réduction de l’empreinte carbone liée à l’impression et au transport des factures
- Contribution à la préservation des ressources naturelles
Comment Extencia vous accompagne dans cette transition
Face à cette transformation majeure, vous n’êtes pas seul. Extencia, cabinet d’expertise comptable spécialisé dans l’accompagnement des pharmacies depuis plus de 40 ans, vous propose un accompagnement sur mesure.
Notre expertise spécifique pour les pharmacies
Fort de notre expérience auprès de près de 700 pharmaciens à travers la France, nous avons développé une connaissance approfondie de votre secteur et de ses spécificités.
Notre accompagnement repose sur :
- Une approche personnalisée tenant compte des particularités de votre officine
- Une veille permanente sur les évolutions réglementaires
- Une expertise technique des systèmes de gestion pharmaceutique
Nos solutions concrètes pour vous accompagner
Pour vous aider à réussir cette transition, nous vous proposons :
- Un diagnostic personnalisé de votre situation actuelle
- Des recommandations sur-mesure pour définir votre nouvelle organisation
- Une assistance dans le choix de votre PDP et des outils adaptés
- Un suivi régulier pour s’assurer de la conformité de vos pratiques
Grâce à notre réseau de partenaires spécialisés, nous sommes en mesure de vous proposer des solutions complètes, intégrant à la fois les aspects comptables, informatiques et organisationnels.
Pensez à l’avenir de votre officine dès aujourd’hui
La facturation électronique n’est pas qu’une obligation légale à subir, mais une opportunité de modernisation à saisir. Une préparation anticipée vous permettra non seulement d’éviter les pénalités (15€ par facture non conforme, dans la limite de 15 000€ par an), mais surtout de tirer pleinement parti des bénéfices de cette évolution.
Ne remettez pas à demain ce qui peut être initié aujourd’hui. L’échéance de 2026 semble lointaine, mais l’expérience montre que les projets de transformation numérique nécessitent du temps pour être pleinement intégrés dans vos pratiques quotidiennes.
Votre pharmacie mérite un accompagnement à la hauteur de ses ambitions. Extencia s’engage à vos côtés pour faire de cette transition un succès.
